Una aplicacioncilla que tenia por aqui instalada Oscar para comparar ficheros y directorios. Examdiff Pro. Examdiff a secas es de gratis, pero tiene menos funcionalidad.

Por otro lado he visto que diff, también te sirve para comparar directorios.
Y la opción -c es muy interesante, ya que en lugar de mostrarte las diferencias de la manera por defecto (adecuada para automatizar cambios) te lo muestra de una manera mas 'user friendly'.